Human Rights Watch señaló que bajo las actuales reglas los juicios realizados por las comisiones militares contra individuos sospechados de llevar a cabo actividades terroristas resultarían violatorios de los derechos fundamentales de estas personas, generando veredictos de legitimidad cuestionable y enviando al mundo entero el mensaje de que la justicia puede ser dejada de lado en la lucha contra el terrorismo.

"Las comisiones militares desacreditan la tradición Norteamericana en materia de justicia," afirmó Jamie Fellner, directora del programa de Estados Unidos de Human Rights Watch. "El Departamento de Defensa debería reconsiderar su postura sobre este tema."

El Departamento de Defensa norteamericano ha incorporado un conjunto de garantías que pretenden salvaguardar el debido proceso legal en lo que respecta a los procedimientos sugeridos para el funcionamiento de las comisiones militares. Entre estas garantías se incluye la publicidad de los juicios, la presentación de pruebas que excedan el carácter de duda razonable como fundamento para dictar condena, la presentación de evidencia y la examinación cruzada de testigos. Sin embargo, dichas garantías proveen una simple "pátina de debido proceso" a los procedimientos empleados por las comisiones que, de otra manera, serían considerados como seriamente defectuosos.

Entre los problemas que aquejan a las reglas que rigen el funcionamiento de las comisiones militares se encuentran los siguientes:

1) Ausencia de Control Judicial Independiente. Las reglas limitan severamente la posibilidad de apelar los dictámenes de las comisiones militares y autorizan solamente la interposición de apelaciones ante un panel militar nombrado especialmente por el Secretario de Defensa. El presidente Bush tiene la responsabilidad de realizar la revisión final de las condenas y sentencias dictadas por las comisiones. Por tal motivo, el poder ejecutivo desempeña tanto el papel de fiscal, como el de juez y jurado, y, potencialmente, el rol de ejecutor. Ergo, no existe la posibilidad de una revisión judicial independiente de los veredictos, sin importar cuán erróneos, arbitrarios o legalmente endebles sean.

2) Violación de los derechos de los Prisioneros de Guerra. La ausencia de instancias de apelación independientes constituye una falta particularmente grave en el caso de que las comisiones sean utilizadas para juzgar a individuos que deberían ser considerados como prisioneros de guerra, tal como es el caso de los Talibanes que se encuentran detenidos en Guantánamo. Las personas enmarcadas en la categoría de prisioneros de guerra tienen derecho, como mínimo, al mismo tipo de procedimientos y garantías que el poder ocupante le dispensaría a sus tropas en el caso de que éstas sean acusadas de crímenes similares. En el caso de los Estados Unidos, esto significa la realización de juicios por cortes marciales con la posibilidad de apelar la sentencia ante cortes civiles. La incapacidad de cumplir con estos procedimientos en el caso de individuos que deberían ser considerados como prisioneros de guerra constituye un verdadero crimen de guerra.

3) Restricciones al Derecho al Patrocinio Legal: Las reglas de las comisiones requieren que los acusados sean representados por un abogado defensor militar. Los acusados pueden recurrir a los oficios de un abogado civil pero el abogado militar debe permanecer en su equipo de abogados defensores.

4) Limitaciones a la Defensa Efectiva: Las reglas que rigen el funcionamiento de la comisiones imponen severas limitaciones a los abogados defensores en lo referente a la posibilidad de comunicarse confidencialmente con sus clientes, así también como limitaciones para viajar y conducir investigaciones necesarias para la defensa de los acusados. Por ejemplo, las conversaciones entre abogado y cliente podrían ser monitoreadas por el gobierno; los abogados no podrían comentar aspectos del caso con testigos potenciales; y toda investigación debería realizarse en la base donde se decida establecer las comisiones (presumiblemente Guantánamo). Asimismo, aún cuando tengan acceso a información clasificada, a los abogados defensores se les podrá denegar acceso a parte del material presentado ante las comisiones.

5) Censura al Abogado Defensor. Las reglas imponen una orden de censura sobre el abogado defensor, impidiéndole comunicarse con la prensa o con el público a menos que reciba una autorización previa de los oficiales militares correspondientes. Algunas de las restricciones sobre la posibilidad de comentar públicamente los detalles del caso continúan vigentes incluso luego de la finalización del juicio.

6) Juicio Militar a Civiles. Las comisiones militares tendrán autorización para juzgar a personas que nunca fueron combatientes y cuya conexión con casos de conflicto armado es por lo menos débil. Por ejemplo, un ciudadano no estadounidense viviendo en los Estados Unidos que haya contribuido al financiamiento de al-Qaeda podrá ser juzgado por la comisión bajo cargos de haber "ayudado y apoyado" al enemigo. Con las cortes estadounidenses funcionando a pleno, no existe justificación alguna para someter a civiles a juicios militares y, de esta manera, violar su derecho de audiencia ante un tribunal independiente e imparcial.

7) Justicia de Segunda Categoría para No-Ciudadanos. Bajo las órdenes militares dictadas por el presidente, los ciudadanos estadounidenses pueden evitar ser juzgados ante las comisiones, sin importar si combatieron para el enemigo o si cometieron crímenes de guerra. Esta excepción indica a las claras que la opinión pública no aceptaría los procedimientos de la truncada justicia militar para ciudadanos estadounidenses. Tanto el derecho Internacional Humanitario como la ley constitucional estadounidense impiden que el gobierno de los Estados Unidos discrimen entre ciudadanos y no ciudadanos en lo que respecta al derecho a juicio justo.