El progreso de Perú en la aplicación de las recomendaciones de su comisión de la verdad, la cual informó en agosto de 2003 de las violaciones a los derechos humanos cometidas durante los 20 años (1980-2000) que duró el conflicto interno del país, ha sido decepcionantemente lento. La iniciativa para enjuiciar a los funcionarios del Estado responsables de las peores violaciones de los derechos humanos ha sido obstaculizada por los tribunales militares. Los fiscales civiles sólo han hecho avances significativos en unos cuantos casos.

La ineficiencia y la inaccesibilidad del sistema de justicia peruano, combinadas con la corrupción de los gobiernos locales y la falta de transparencia, han contribuido a producir estallidos de violencia en áreas rurales, tales como el linchamiento de un alcalde polémico. La policía usa la fuerza letal injustificadamente al enfrentar las protestas públicas, a veces con consecuencias fatales. Antiguos problemas como la tortura y las condiciones penitenciarias inhumanas continúan despertando preocupación. Los periodistas de ciudades y pueblos de las provincias se exponen a ataques físicos e intimidaciones por criticar a las autoridades locales.

Enfrentar el pasado
Los tribunales militares insisten en retener la competencia sobre los casos en los que está implicado el personal militar, lo que supone un obstáculo importante para la justicia. En enero de 2004, el fiscal que investigaba la "desaparición" y ejecución extrajudicial de nueve estudiantes y un profesor de la Universidad de la Cantuta en 1992, declaró que los tribunales militares debían tener jurisdicción en el juicio del general retirado Nicolás Hermoza Ríos, comandante en jefe del ejército cuando se produjeron los asesinatos. En agosto de 2004, el Consejo Supremo de Justicia Militar, máximo tribunal militar de Perú, confirmó su fallo anterior de agosto de 1994 y absolvió a Hermoza, a otro oficial militar y al ex jefe de inteligencia, Vladmiro Montesinos, por este crimen. Al día siguiente, el Tribunal Constitucional decretó que la Constitución de Perú no permitía que las violaciones de los derechos humanos cometidas por personal militar fueran juzgadas por tribunales militares. Los abogados de derechos humanos están presionando ahora para que se reabra el caso de la Cantuta en los tribunales ordinarios.

Antiguos problemas como la tortura y las condiciones penitenciarias inhumanas continúan despertando preocupación.

En otros casos, la ineficiencia burocrática, la carencia de recursos y la falta de investigadores calificados han contribuido a los retrasos. Por ejemplo, una investigación postergada sobre las circunstancias que rodearon la masacre de 1986 en la prisión de El Frontón, que se inició en octubre de 2002, continúa pasando por serias dificultades dos años después. Los abogados de derechos humanos que representan a los familiares de los 122 presos muertos en la masacre han cuestionado la identificación de 26 cuerpos por parte del Servicio Médico Legal (SML). Debido a estos retrasos, a 1 de noviembre de 2004, el fiscal aún no había iniciado la investigación criminal.

La fiscalía especial encargada de investigar 159 casos de "desapariciones" de acuerdo con un acuerdo amistoso auspiciado por la Comisión Interamericana de Derechos Humanos, así como los 43 casos que le trasladó la Comisión de la Verdad de Perú, ha formulado cargos en sólo cinco de los casos. Ninguno de los acusados está actualmente detenido. Un fiscal local de Junín acusó al General Pérez Documet, entonces jefe militar de la provincia, del secuestro y tortura en 1991 en Huancayo de Luis Alberto Ramírez Hinostroza. Posteriormente, Ramírez recibió repetidas amenazas de muerte y en agosto de 2004 resultó herido por los disparos de personas sin identificar que le atacaron cerca de su casa.

Otro fiscal encargado de investigar las violaciones de los derechos humanos cometidas durante el gobierno del Presidente Fujimori (1990-2000) ha hecho mayores progresos. Más de 40 ex agentes del Grupo Colina, escuadrón de la muerte responsable de "desapariciones" y ejecuciones extrajudiciales a principios de los noventa, están actualmente detenidos a la espera de juicio.

Corrupción local y acceso a la justicia
Aunque Perú se ha librado ampliamente de la violencia política que sacudió el país en los ochenta, hubo graves estallidos de violencia en 2004 cuando residentes irritados lanzaron quejas contra polémicas autoridades locales, o cuando los simpatizantes de dichas autoridades atacaron a los críticos. En un informe publicado en septiembre de 2004, la Defensoría del Pueblo de Perú nombró a 77 municipios que habían sido afectados por conflictos entre residentes y gobiernos locales. En abril de 2004, una masa enfurecida linchó a Cirilo Robles, alcalde de Ilave, Puno, que estaba acusado de corrupción. Otro funcionario del gobierno resultó gravemente herido. Ese mismo mes, hombres armados con tablas, machetes y otras armas atacaron a los residentes de Lagunas, en el amazonas peruano, hiriendo a 40 personas, algunas de ellas de gravedad. Los residentes habían rodeado la alcaldía para impedir que el alcalde eludiera una auditoria contable. La corrupción de los gobiernos locales y el hecho de que el sistema de justicia peruano no investigue efectivamente las alegaciones de corrupción y abuso de poder contribuyeron a dichos estallidos de violencia.

Uso excesivo de la fuerza para reprimir protestas
Según la organización no gubernamental, Coordinadora Nacional de Derechos Humanos, desde que el Presidente Toledo llegó al poder en 2000, 11 manifestantes han muerto como resultado del uso excesivo de la fuerza letal por parte de la policía y el ejército. En octubre de 2004, miembros de la policía nacional mataron a tiros a dos cultivadores de coca de San Gabán, Puno, que estaban protestando porque el gobierno no pagaba a los productores de coca por el cambio a cultivos alternativos. Otras ocho personas sufrieron heridas de bala.

Tortura y condiciones penitenciarias
Con frecuencia, los presuntos delincuentes detenidos para ser interrogados en estaciones de policía son torturados. La organización no gubernamental de derechos humanos COMISEDH (Comisión de Derechos Humanos) documentó 33 casos de tortura entre enero y noviembre de 2004. Nueve de las víctimas murieron.

Las organizaciones de derechos humanos han instado al gobierno a que cierre las prisiones situadas en lugares remotos y elevados en Challapalca, Tacna, y Yanamayo, Puno. Tras una visita a la prisión de Challapalca en agosto de 2002, la Comisión Interamericana de Derechos Humanos publicó un informe criticando las condiciones inhumanas y la ocurrencia de abusos físicos tales como las palizas y la tortura con electrochoques a recién llegados. Hasta ahora, el gobierno peruano no ha implementado la antigua recomendación de la Comisión para que se cierre la prisión, aunque el número de reclusos en la misma se ha reducido. En noviembre de 2004, la prisión todavía albergaba a 18 presos.

Los periodistas y los comentaristas de radio de las provincias de Perú están expuestos a ataques físicos, intimidaciones y acosos por criticar a las autoridades locales.

Ataques contra periodistas
Los periodistas y los comentaristas de radio de las provincias de Perú están expuestos a ataques físicos, intimidaciones y acosos por criticar a las autoridades locales. Este patrón de abuso se ha mantenido durante muchos años y demuestra el precario respeto por la libertad de prensa en muchas ciudades peruanas. En febrero de 2004, Antonio de la Torre Echeandía, periodista de Radio Orbita, murió apuñalado por dos hombres que le atacaron cuando regresaba de una fiesta en la ciudad de Yungay. Unos días antes, De La Torre había acusado en la radio a funcionarios del gobierno local. En marzo, el alcalde, sospechoso de haber ordenado el asesinato, fue arrestado y recluido en la prisión de Huaraz. Sin embargo, la policía retrasó la ejecución de las órdenes de arresto contra otras dos personas implicadas en el asesinato, entre ellas la hija del alcalde. En septiembre, el periodista César Castro Cano fue herido con arma blanca en Cuzco, donde había estado investigando la presunta mala gestión de un funcionario del gobierno local.