Durant ses quatre années de pouvoir, l'ex-président Kabila a violé régulièrement et impitoyablement les droits du peuple congolais, tuant, torturant, emprisonnant et faisant "disparaître" toute personne qu'il pensait constituer une menace pour lui ou pour son régime. Parmi ceux qui ont souffert le plus se trouvent les opposants politiques, les leaders de la société civile, les activistes des droits de l'homme et les journalistes.
Joseph Kabila a promis le retour à un état de droit, mais aucune réforme de la justice civile n'a encore été initiée. Un réexamen des cas des personnes actuellement détenues en prison devrait être entrepris, ainsi que la mise en liberté rapide de ceux détenus sans accusation ou sans soupçon crédible de culpabilité.
Le nouveau président a promis des améliorations dans le système judiciaire militaire. La commission d'enquête mise en place pour enquêter sur l'assassinat de Kabila père devrait montrer dans quelle mesure cet effort pourrait réussir. L'assassin, qui aurait été abattu immédiatement après le crime, appartenait à l'unité des Kadogo. Plusieurs autres soldats de cette unité ont été arrêtés par la suite. Kadogo, terme qui signifie enfant soldat, s'applique à un groupe de soldats recrutés quand ils étaient très jeunes, la plupart d'entre eux venant des provinces de l'est du Kivu. Si Kabila peut assurer une enquête méthodique et transparente sur la question sensible de la mort de son père, son engagement à améliorer la justice militaire gagnera en crédibilité.
Sous le régime de Laurent Kabila, nombreux services de sécurité, parfois rivaux, étaient opérationnels. Joseph Kabila aurait forcé les chefs de ces services à démissioner pour leur "incompétence et manquement" à prévenir l'assassinat de son père. Il devrait également ordonner l'ouverture d'enquêtes sur les violations des droits de l'homme commises par ces mêmes services, particulièrement les arrestations arbitraires, les mauvais traitements et tortures des détenus. Pour que l'état de droit se voie réalisé, les responsables doivent répondre des abus dont ils se sont rendus coupables.
Kabila a ordonné le renforcement de la discipline militaire, mais reste à savoir si si cela inclut de nouveaux ordres aux troupes d'observer les règles du droit de la guerre. Pendant la guerre de 1996-1997, qui a porté Laurent Kabila au pouvoir, les soldats congolais et leurs alliés rwandais et ougandais se sont attaqués à des dizaines de milliers de civils, les massacrant, les violant et les blessant. Ils ont aussi contraint des centaines de milliers de civils à fuir leurs maisons. A deux reprises, les Nations Unies ont tenté de documenter ces crimes de guerre mais en partie à cause de l'obstruction par Laurent Kabila, elles n'ont pas pu accomplir la tâche. Après qu'une équipe d'experts nommés par le Secrétaire Général ait soumis son rapport impliquant les troupes congolaises et rwandaises dans les crimes contre l'humanité et dans un possible génocide, le Conseil de Sécurité des Nations Unies a chargé les gouvernements congolais et rwandais de poursuivre l'enquête. Aucun des deux ne s'est exécuté. Si Kabila voulait signaler sa bonne volonté pour faciliter la poursuite d'une nouvelle enquête internationale, il devrait commencer par fournir des preuves de son engagement envers la justice. Vraisemblablement, toute nouvelle enquête internationale devrait aussi examiner les violations du droit humanitaire international lors du conflit actuel.
Au cours de la guerre, les deux parties belligérantes se sont ingérées dans des conflits ethniques locaux, livrant des armes et offrant un entraînement militaire, ce qui a rendu les combats plus meurtriers encore. Les troupes rwandaises et ougandaises, à l'est du Congo sont perçues par beaucoup de Congolais comme des forces ennemies d'occupation. De ce fait, les groupes ethniques identifiés à ces étrangers sont devenus de plus en plus vulnérables aux attaques de leurs voisins. En s'exprimant clairement sur la citoyenneté et les droits communsde tous les Congolais, sans aucune considération d'ethnie, de région ou d'origine, Kabila pourra jouer un rôle fondamental dans l'apaisement des tensions ethniques.